因明学萌芽於印度，略早於中国的墨辩和希腊的逻辑。
因明学的产生和发展，与古印度学术文化的繁荣和辩论之风的盛行是密切相联的。古印度的哲学家们十分重视论辩的方式方法，并且已经从研究论辩的程式进而研究思维的形式和推论的规则。
在古印度，最早致力於系统地研究因明的学派是正理派，正理派的经典是《正理经》，传说是足目所作。《正理经》中，简明地叙述获得正确知识的方法以及知识的表述方式，探讨认识表述过程中可能产生的形式错误或非形式错误。所以《大疏》说：「劫初足目，创标真似。」真似者，即因明之概括，因為因明学讲的主要是论式的正确（真）与错误（似）。
足目之后，印度诸学派皆讲求此类论理方法。至佛陀之时，因明学已颇具系统，佛陀成道后，每每应用因明之法以说法利生，此可见於诸经中所广泛出现之因明义旨。流入佛教，而為历代诸论师所沿用演布之因明，称為内道因明；佛教以外之诸学派所研习之因明，称為外道因明。外道因明流传之史迹较难确悉，内道因明之沿革则较详实可稽。
佛陀入灭后七百年顷，龙树菩萨以《方便心论》一书论说内道因明之法。继龙树二百年后，弥勒菩萨述《瑜伽师地论》一百卷，其中第十五卷即為因明论法。其后复有无著菩萨继出，於其所著《显扬圣教论》第十一卷中，详述因明之论议法。其弟世亲菩萨则著有《论轨》、《论式》、《论心》三部书，堪称因明论理规则之集大成者。至今，世亲之著作中，有关因明者，仅存《如实论》一书而已。
因明学的发展分古、新两大阶段，其间的分水岭便是陈那菩萨。无著、世亲两菩萨关於因明的论述，都属於古因明的系统。无著是大乘佛教瑜伽行派的创始者，其弟世亲先习小乘，从说一切有部出家，后受无著的影响而改习大乘。从兄弟二人的许多论著中，显露出对古印度正理派逻辑成果的批判和吸收，使古因明初具规模。但大致说來，古因明发展至世亲时，仍未成熟到精确的地步。所以，窥基才说：「爰暨世亲，咸陈轨式。虽纲纪已列，而幽致未分，故使宾主对扬，犹疑立破之则。」
佛陀入灭后一千一百年顷，世亲的弟子陈那（又称大域龙）锐意研攻因明，并补前贤之不足，勘正前贤著作之遗误，遂产生改革之效，使因明真能负起立正破邪之责，将因明学推进到一个全新的阶段，故后世均认陈那為新因明的开祖，是中世纪印度逻辑之父。据说，他辩才无碍，在与外道辩论中经常获胜。曾於印度最高佛教学府那烂陀寺讲授唯识和因明等，并撰写有《因轮抉择论》、《因明正理门论》、《集量论》等因明论著，其中《因明正理门论》系為破外道迷执，彰显佛法正理，而依古因明学说，创能立、能破之新说，以诠解诸法本真之体义，為印度论理学开一新纪元。他在晚年学问炉火纯青时所著述的《集量论》最為宏伟，针对各种旧说异议加以批判，提出了独创性的见解，通过对认识根源的考察分辨，使逻辑与认识论内在联系起來，又通过认识论而提出如何达到佛家宗教本体的问题，从而引出了真理观、实践论。
继陈那之后，因明史上的重要人物是商羯罗主菩萨。他是陈那的高足，亦毕其一生以穷研因明之奥秘，鉴於其师《因明正理门论》一书之渊深难解，遂著《因明入正理论》以诠释之，这是一部极有价值的新因明论著，它继承了陈那的新因明体系，又作了不少补充，在论述上也更趋系统化，成為研究因明者必读的一部专著，后世佛学界论及因明时，都以此论為依据。
在陈那、商羯罗主之后，特别值得重视的是法称菩萨。他继承和发展了陈那所创立的新因明，撰有《正理滴论》、《释量论》、《因滴论》等七部因明论著，使因明学摆脱辩论术之羁绊，也令逻辑与认识论之结合更紧密，基础更稳固。这些论著中，以《正理滴论》和《释量论》最為重要。法称的因明理论在西藏影响很大，因而也享有盛誉。
汉地因明能开花结果，其首倡之功，应归於玄奘大师。其实，早在玄奘以前已有一些古因明的论著传來中国，如《方便心论》、《回诤论》、《如实论》，但由於当时新因明的理论尚未传入，古因明的论著也只迻译三部，缺乏系统性，当时的人只能零星地学到一些古因明的知识，不大可能有什麼阐发，所以因明学并未在汉地引起反响。然而，玄奘从印度游学归來后情况就不同了，在唐太宗的支持下，他不仅翻译了陈那和商羯罗主的重要因明论著，还译出《瑜伽师地论》、《显扬圣教论》、《阿毗达磨杂集论》等一系列经论，而这些经典中包含著专门论述因明的章节。同时，玄奘在翻译因明论著的过程中，也对僧众传授讲述，阐发隐义，又经过弟子们的记录，加以发挥，终於掀起一股学习因明的热潮，使因明学的研究盛极於一时。
在因明学的研究上，除玄奘之外，当推窥基大师最為杰出。他出身名门，天资过人，十七岁时从玄奘出家，一生著述甚丰，有「百部疏主」之称，是中国法相宗实际开创者。窥基注释商羯罗主之《因明入正理论》，复记载玄奘所授之因明，而成《因明入正理论疏》一书，此论疏份量颇大，解释详尽，為诸疏之冠，后世尊称《大疏》，是公认的研究因明学不可不读之基本教材。
玄奘、窥基所传的法相唯识学在唐武宗会昌法难时便已衰微，因明学也随之在汉地逐渐失传。后來，因明的疏记大多散佚不见，连《大疏》等一些重要的论疏也均沦亡湮没。到了明代，有志於研究因明的学者已找不到可靠的依据。可以这样说，因明学在中国唐代随法相宗的兴起而兴起，又随法相宗的衰落而衰落，至明清以降五百余年，几成绝学！
迨及清末民初，才有硕学通家作了相当大的努力，來挽救因明此一绝学，这些有识之士对海内外因明著述作了大量搜集、整理、校刊以及研究的工作，前有杨仁山居士从日本取回《大疏》全本，刻版流通，后有欧阳竟无、熊十力、吕澄等学者研究介绍，其他尚有虞愚、陈望道、陈大齐、周叔迦等人士著书讲说，并博采西方逻辑名辩归纳诸术，互资参证，广為推介，才使中断相当长一段时期的因明研习，重新在汉地振兴，因明之学遂得因应时代学风而继传不坠。
在西藏方面，自宋、元以后，西藏地区之因明研习十分盛行，除先后译出大量的梵本因明论著外，许多著名的因明学家辈出，相继撰著注疏，使不少因明著作幸赖西藏译本，而得以流传至今。西藏的因明学主要是法称量论系统，这与汉地以法相唯识学作因明背景的风格迥异。在藏传佛教中，因明论是学僧必修的五部论典之一，在西藏各地寺院里，因明為显密诸学之基础学科，初入寺之年幼沙弥即须勤习因明之辩论方式，其后各研学阶段，於每年冬季，须兼学一个月之因明论，通达因明并能熟练运用於口头论辩，这是最基本的要求，故因明始终受到寺院学术的重视，一直保存至今。大抵而言，因明传入我国内地，不及西藏完备而普及；且传入后之研究与应用，亦远不及日本之盛行。
